Фото: із відкритих джерел
Дослідження виявило значні структурні варіації в геномі огірків, що можуть вплинути на майбутні селекційні програми. Використання цих даних може підвищити точність прогнозування агрономічно важливих ознак.
Про це повідомляє сайт Аграрії разом з посиланням на Hortidaily.
Нове дослідження, опубліковане в журналі Nature Genetics, розкриває структурні варіації (SVs) в геномі огірків, які виникають під час селекції. Вчені створили графовий пангеном, що включає 39 геномів високої якості, з яких 27 були новими, а 12 – раніше опублікованими. Цей пангеном охоплює 171,892 високонадійних структурних варіацій, які були генотиповані у 447 диких і культивованих зразках.
Аналіз показав, що під час доместикації огірків значна частина слабо шкідливих однонуклеотидних поліморфізмів (SNPs) зберігалася, тоді як структурні варіації були постійно усунені через їх високу шкідливість. Під час географічного розширення спостерігалося зменшення навантаження SV та молодший вік SV порівняно з SNP, що вказує на сильнішу очищувальну селекцію щодо SV.
Включення навантаження SV у моделі геномного прогнозування підвищило точність прогнозів для кількох агрономічно важливих ознак. Це відкриття може мати значний вплив на майбутні програми селекції огірків, дозволяючи селекціонерам точніше прогнозувати та покращувати важливі характеристики рослин.