Фото: із відкритих джерел
Дослідження структурних варіацій (SVs) в огірках показало їх значний вплив на селекційні процеси. Використання пангеноому дозволило виявити понад 171 тисячу високодостовірних SVs.
Про це повідомляє сайт Аграрії разом з посиланням на Hortidaily.
Структурні варіації (SVs) є важливим, але недостатньо дослідженим компонентом геномної різноманітності рослин. Нещодавнє дослідження, проведене на основі графового пангеноому огірків, включило 39 геномів високої якості, з яких 27 були новими, а 12 — раніше опублікованими. Це дозволило виявити 171,892 високодостовірних SVs, які були генотиповані у 447 диких та культурних зразках.
Аналіз показав, що під час доместикації огірків значна частина слабо шкідливих однонуклеотидних поліморфізмів (SNPs) зберігалася, тоді як SVs систематично видалялися через їх високу шкідливість. Під час географічного розширення спостерігалося зменшення навантаження SVs та їх молодший вік у порівнянні з SNPs, що свідчить про сильніший очищувальний відбір, що діє на SVs. Інтроґресії з диких популяцій збільшували навантаження SVs, можливо, через ефект “хитчхайкінгу”.
Важливо, що включення навантаження SVs у моделі геномного прогнозування покращило точність прогнозів для кількох агрономічно важливих ознак. Це дослідження висвітлює динаміку SVs під час доместикації та розширення ареалу огірків і підкреслює значення SVs для майбутньої селекції огірків.